Свою трудовую деятельность начинал в 1995 году учителем  географии в средней  специализированной технической школе (ныне лицей № 88), работал по инновационной программе с подготовкой  кандидатской диссертации «Развитие у учителей умений педагогического проектирования содержания учебного материала в общеобразовательной школе (на примере образовательных областей "Обществознание" и "Естествознание" для старшеклассников)».
С 1999 по 2002 год - директор МСКОУ школа-интернат № 10 г. Челябинска для глухих детей.
 С 2002 по 2010 год – директор  Дворца пионеров и школьников им. Н.К. Крупской. Под руководством Андрея Ивановича Дворец стал специализированным учреждением по работе с одаренными детьми в УрФО, членом Европейской Ассоциации свободного времени детей и молодежи; лауреатом премии Губернатора Челябинской области по развитию инновационных проектов, получил высшую общественную награду г.Челябинска премию «Признание».

Андрей Иванович способствовал организации и проведению регионального конкурса детских театров моды и студий костюма «Прелестница», регионального конкурса-выставки детской и юношеской фотографии «Палитра мгновений», конкурсов технического творчества, фестиваля игровых программ «Калейдоскоп игр».

Большое внимание Берсенев А.И.  уделял организации воспитательной работы в  учреждении, стал инициатором создания во Дворце единого воспитательного пространства. При его поддержке и непосредственном участии во Дворце развивался Актив Дворца, работал Президент из числа детского Актива, реализовывалась программа воспитания «Вектор успеха», появилась и газета Дворца с одноименным названием. Традиционными стали праздники для детей и педагогов «Давайте познакомимся», Праздник Чести, выездные сборы Актива воспитанников Дворца и другие.